Covid-19 : l’UE va s’appuyer sur le contrôle des eaux usées pour repérer les variants

Le contrôle des eaux usées peut permettre de suivre la propagation de nouveaux variants du coronavirus au sein de la population européenne, a confié à EURACTIV le commissaire européen à l’Environnement, Virginijus Sinkevičius.

« En combinaison avec d’autres indicateurs classiques, [ce contrôle] peut fournir des informations essentielles pour la gestion de la pandémie », a déclaré M. Sinkevičius, ajoutant qu’il s’agit d’un outil complémentaire économique, rapide et fiable.

Le 17 mars, la Commission européenne a publié une recommandation sur une approche commune visant à établir un contrôle systématique pour détecter le SRAS-CoV-2 et ses variants dans les eaux usées dans l’UE, appelant les États membres à mettre en place des systèmes de contrôle des eaux usées d’ici le 1er octobre 2021.

La recommandation appelle les États membres à mettre en place des systèmes de contrôle des eaux usées et à veiller à ce que les données pertinentes soient rapidement fournies aux autorités sanitaires compétentes avant d’être transmises à la plateforme d’échange européenne.

Cette plateforme est en cours de développement par le Centre commun de recherche de la Commission, en coopération avec le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

La recommandation définit également des orientations que les États sont encouragés à prendre concernant l’utilisation plus systématique du contrôle des eaux usées et leur inclusion dans les stratégies nationales de dépistage, en se concentrant sur l’émergence et la propagation des variants du coronavirus.

M. Sinkevičius a déclaré que le contrôle des eaux usées peut permettre une détection précoce de l’émergence ou de la réémergence du virus et de ses variants dans une communauté.

« Pour situer le contexte, le contrôle de seulement 6 000 points de collecte permet de contrôler les eaux usées de 70 % de la population de l’UE », a ajouté le Lituanien.

Dans la dernière évaluation des risques de l’ECDC publiée le 15 février, l’utilité du contrôle environnemental des systèmes d’égouts est reconnue comme une méthode alternative de dépistage au niveau des communautés.

Contacté par EURACTIV, un porte-parole de l’ECDC a expliqué que les données contrôlées aideraient à estimer la diffusion géographique de la pandémie et offriraient une indication approximative de l’efficacité des mesures à prendre en réponse.

Silvia Monteiro, chercheuse en qualité microbienne de l’eau à l’Université de Lisbonne, a déclaré que le contrôle des eaux usées permet de détecter le SRAS-CoV-2 quelques jours avant l’apparition des premiers symptômes.

« Elle pourrait donc contribuer à orienter les tests cliniques, en permettant de détecter les foyers d’infection dans une communauté, avec l’avantage de pouvoir effectuer des tests cliniques plus ciblés », a-t-elle souligné.

Elle a ajouté que le test des eaux usées permet de contrôler une communauté entière de manière anonyme.

Certains États disposent déjà de leurs propres systèmes de contrôle

Selon l’agence européenne des maladies infectieuses, l’un des problèmes pourrait être le délai serré fixé par l’exécutif européen, car les pays qui partent de zéro pourraient avoir du mal à le respecter à temps.

Pour Ricardo Santos, un autre chercheur de l’Université de Lisbonne, les membres de l’UE devraient avoir suffisamment de temps pour se préparer à un contrôle des eaux usées.

« La plupart des États membres de l’UE ont déjà mis en place leurs propres programmes de contrôle, que ce soit dans le cadre d’un programme national ou de projets de recherche. Il s’agit donc simplement d’un complément à ce que la plupart des pays effectuent déjà », a-t-il déclaré.

Par ailleurs, M. Sinkevičius estime qu’il y aura suffisamment de temps : « Le secteur est habitué à contrôler régulièrement les eaux usées pour d’autres paramètres. Par conséquent, le délai que nous avons fixé est réaliste ».

Une autre préoccupation soulevée par l’ECDC concerne l’harmonisation des méthodes entre les pays afin de garantir la validité et la comparabilité des données de contrôle des eaux usées au niveau du bloc.

M. Santos a souligné l’importance de mises à jour fréquentes afin que les États membres prennent toujours des décisions fondées sur les informations les plus récentes lorsqu’ils sont confrontés aux variants.

Cette recommandation « révolutionnaire » devrait ouvrir la voie à une collaboration efficace entre les organismes sanitaires et environnementaux, a affirmé M. Santos, qui a ajouté que cette coopération fait souvent défaut à l’heure actuelle.

Cette situation préoccupe également la Commission européenne.

« Le principal défi consiste à s’assurer que les autorités chargées de la gestion des eaux usées collaborent avec les autorités chargées de la santé publique », a indiqué M. Sinkevičius.